Spółka komandytowa przez wiele lat cieszyła się dużą popularnością ze względu na możliwość uniknięcia podwójnego opdatkowania zysku firmy. W spółce komandytowej podatek dochodowy płacą tylko wspólnicy partycypujący w zyskach, nie zaś sama spółka. Odróżnia je to od spółek z ograniczoną odpowiedzialnością, gdzie podatek najpierw płaci sama spółka, a następnie przy wypłacie zysku sami jej wspólnicy. Ministerstwo Finansów doszło do wniosku, iż spółki komandytowe również powinny być traktowane podobnie.

Nowe przepisy powodują, że spółki komandytowe zostały dodane do ustawy o CIT jako podmioty mające status „podatnika podatku dochodowego” i tym samym będą musiały rozliczać i płacić podatek dochodowy od osób prawnych. Jego podstawowa stawka wynosi 19 proc. podstawy opodatkowania, zaś preferencyjna 9 proc. przewidziana dla małych podatników i podatników rozpoczynających działalność. Ustawa będzie obowiązywać od 1 stycznia 2021 r., ale jedna z przyjętych poprawek pozwala odroczyć opodatkowanie spółki komandytowej CIT-em do 1 maja 2020 r.

Nowe przepisy de facto nie wprowadzają dodatkowych obciążeń dla komplementariuszy spółek komandytowych. Uzyskiwana przez nich dywidenda formalnie będzie opodatkowana, ale ten podatek będzie pomniejszony o przypadającą na danego wspólnika część CIT zapłaconą już przez spółkę komandytową. Zatem nowelizacja jest dla komplementariuszy neutralna podatkowo.

Diametralnie zmieni się za to sytuacja komandytariuszy. 50 proc. ich przychodów z udziału w zyskach w spółce komandytowej będzie zwolnionych z podatku, ale nie może to być więcej niż 60 tys. zł w roku podatkowym. Do tego zwolnienie nie dotyczy komandytariuszy powiązanych osobowo lub kapitałowo ze spółką będącą komplementariuszem w tej samej spółce komandytowej.

Nie da się ukryć, że powyższe zmiany są sporym ciosem w podatników, którzy prowadzili działalność gospodarczą w formie spółki komandytowej. Z racji efektywnego sposobu opodatkowania oraz zachowywania benefitów spółki kapitałowej (w praktyce bardzo często komplementariuszem spółki komandytowej zostawała spółka z ograniczoną odpowiedzialnością) spółki te cieszyły się dużą popularnością.